您好从您上述所描述的情况为您做一下分析手指甲盖上凹凸不平一般是缺钙质等矿物质或缺乏钙质使角质脆弱，平日想指甲更健康亦可从饮食方面入手：
⒈足够蛋白质：指甲由蛋白质组成若平日指甲底部出现白色横纹有可能是蛋白质不足宜多吃豆种子果仁蛋或肉类等食物。
⒉钙质巩固指甲：缺钙可引致指甲易干易脆宜多吃乳酪奶或豆类食品。
⒊维他命防幼线：维他命B可促进指甲生长及保持健康色泽若吸收不足指甲可出现幼线。
⒋矿物质防白点：指甲出现白点有可能是身体有严重疾病亦可能是缺乏锌或铁宜先请教医生，锌含量丰富的食品有海产蛋及肉类。
你这个疾病是生长在甲周或甲下的寻常疣称为甲周疣或甲下疣，可使指甲甲床破坏、指甲变形。这个是可能是乳头瘤病毒感染引起的。而你是经过治疗，但是有经常复发，这个可能与你治疗不够干什么与科学，你只是应用物理治疗，可能效果不是特别的理想，因为真正的病毒没有得到消灭，最好是物理、化学综合治疗。
你应用冷冻冻治疗，同时局部要用5－氟脲嘧啶、利巴韦林。也可以口服利巴韦林、胸腺肽片。一些人因为害怕摄入过量的胆固醇而拒吃蛋黄,这是不对的,适量吃蛋黄对人体不会构成伤害，（不行可以到医院检查一下微量元素等）。
以上是对“指甲上有坑不平是怎么回事？”这个问题的建议，希望对您有帮助，祝您健康！
你说的指甲上有凹凸不平的坑，这是因为个人体质缺少维生素所致
请对症做下基本检查，请抽血为主，看下本人有无发生过嗜食某物或者偏食的情况。
原因很多，主要见于低血红蛋白（缺铁）、缺氧、维生素缺乏、甲状腺机能亢进、冠心病、风湿热、某些病菌感染（如梅毒、真菌、伤寒菌等）的疾病和职业性强酸强碱及石油生产者。中医认为该病或因情志不调，肝气横逆，脉络瘀阻导致甲失所养；或因先天禀赋素弱，肝肾亏损、精血不足导致甲失所养；或因后天化源乏竭，劳役过度，损伤气血导致甲失所养，因而致病。
指甲柔软不坚：是营养不良的表现。指甲平坦，凹陷呈匙状，无光泽、且脆弱，是缺铁性贫血。指甲隆起：即指甲的横脊和纵脊高度弯曲隆起，许多病能使指甲隆起，如慢性肺病、先天性心脏病、甲状腺疾病、肝硬化、溃疡性结肠炎和某些恶性肿瘤等。指甲凹凸不平是因为缺钙和锌,平时注意饮食即可。可以服用葡萄糖酸锌或者酸钙治疗 。