尽管今年来多囊肾发病机制的研究取得了很大进步，但迄今尚无有效的治疗方法。目前主要治疗措施是控制并发症，延缓疾病进展。治疗原则为，降低患病个体出生率，及早诊断，加强患者教育，定期检查，积极控制并发症，对于终末期肾病患者及时采取肾脏替代治疗。注意休息，忌吸烟，忌饮茶、咖啡及含乙醇饮料。
忌巧克力，有高血压时低盐饮食，病程晚期推荐低蛋白饮食。大多数患者早期无需改变生活方式或限制体力活动。当囊肿较大，应避免剧烈体力活动和腹部受创。患者应定期随访。控制并发症，如果疼痛严重，止痛剂不能缓解且影响患者生活时，可慎重考虑手术治疗。
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多囊肾是一种较为严重的肾脏疾病，会给患者的身心健康带来不可计量的影响，在男性中很常见，任何年龄的男性都可能会发生，严重危害人体健康，因此，一定要坚持“早发现、早诊断、早治愈”的原则。多囊肾是由于肾脏固有细胞受损，肾脏发生纤维化，具有滤过功能正常肾单位被纤维组织所代替，失去排毒功能，使毒素在体内堆积不能排出体外。
目前，多囊肾传统的治疗方法有很多，但这些方法只能暂时的控制症状，很难根除，因为传统疗法只能从表面入手，但真正的帮助患者走向康复则需要从修复受损肾脏入手。现在有一种成熟的疗法，能够从根本上修复受损的肾脏细胞，从而改善多囊肾患者生活质量，摆脱透析、换肾，而且最大程度降低治疗费用。
多囊肾如果不及时治疗，任由其发展或加剧，就会发展到肾功能衰竭的阶段，威胁生命安全。要及时的选择正确的治疗办法以免耽误病情，可以选择中医治疗，益气养血、温补肝肾、行水燥湿的功效，能够有效消除水肿、降低血压、促进尿液正常，且能恢复肝肾功能、提高机体免疫能力，标本兼治。
肾移植是多囊肾终末期肾病另一治疗选择，移植后肾存活率以及并发症发生率与其它肾移植人群相似。肾移植前有囊肿感染、反复囊肿出血、严重高血压及巨大肾突入盆腔等表现，可行肾切除术。患者肾移植后主要并发症之一是感染，其中尿路感染最常见。因此，移植后应对感染进行仔细监测和早期治疗。