巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
是否手术应根据囊肿大小及持续存在时间来决定，如囊肿直径大于或等于五厘米或持续存在两个月经周期或发生在青春期及绝经后，都应该进行手术探查。巧克力囊肿剥除手术是保留卵巢功能的妇科手术，只是去除病灶，卵巢仍周期性分泌性激素，而卵巢巧克力囊肿是激素依赖性疾病，所以容易复发。如年龄大于四十五岁，症状明显，病灶广泛，可行根治性手术；年轻可行保守治疗。
