中医治疗小阴茎的方法如下：
(一)肾虚天癸不足证
治法：偏于肾阳虚者宜温肾壮阳;偏于肾阴虚者宜滋阴益肾。
方药：阴茎短小偏于肾阳虚者用右归饮加减，方中熟地、山药、山萸肉、枸杞子培补肾阴;肉桂、附片温养肾阳;甘草补中益气;杜仲强壮益精，共奏温肾壮阳、补益天癸的作用。偏肾阴虚者用左归饮加减，方中熟地、枸杞子、山萸肉滋补肝肾之阴;山药、云苓、甘草养脾胃之阴，诸药协调，补肾阴而益天癸。
(二)肝经瘀滞证
治法：活血化瘀，调补天癸。
方药：血府逐瘀汤加减。方中用桃红四物汤活血化瘀，瘀去新生，生地滋阴养血;柴胡、枳壳理气以助活血，牛膝活血行瘀引药下行，甘草调合诸药。全方相伍，活血化瘀，理气行滞，可酌加枸杞子、鹿茸等生精补癸之品。
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阴茎短小，小睾丸应针对不同的病因用药。例如，下丘脑有病变，垂体功能正常者，应使用促黄体释放激素，若脑垂体有病变，睾丸功能正常者，应使用绒毛膜促性腺激素;只有当睾丸有问题时，才可使用睾丸酮。若不分青红皂白，一概都用睾丸酮，其结果并不理想，就是这个道理。不同人群的“阴茎改造”方法：
1，体形肥胖的人，由于身体下腹部的脂肪层比较厚，造成阴茎被埋入脂肪层，形成“乌龟头式阴茎”。这种情况下用脂肪抽取机除去下腹部的脂肪层或手术切除脂肪层后，在外观上就有阴茎长度延长的效果。
2，单纯脂肪注射阴茎成形术：这种手术方法是抽取自身的脂肪，注射入阴茎内。优点是手术简单，创伤少。缺点是注射脂肪的存活与否这一关健问题受较多因素制约，手术效果也不尽理想。医学界对此方法有不同看法，仍然处于探索阶段，提高脂肪移植后存活率是关健。
3，假体植入：假体植入本来是欧美国家治疗器质性阳痿的一种手术方法。植入假体后，阴茎也可以增长、增粗。因此，在一些有强烈增大增粗阴茎愿望的患者的要求下，欧美国家有时也使用这一方法满足他们的要求。此类手术在国内目前还很少开展。
对小阴茎患者的治疗，不同病因的治疗方法不同，应在准确诊断的基础上决定治疗方案。
1.内分泌治疗
内分泌治疗是治疗小阴茎的主要方法，但所用药物、剂型、剂量、给药途径、治疗方案、疗效及副作用尚无统一意见。
（1）促性腺激素分泌不足性腺功能减退 可用GnRH脉冲治疗、促性腺激素（FSH、LH、HCG、HMG）以及雄激素的替代治疗，可单独或联合应用。给药途径有口服、肌内注射、皮内注射、吸入（喷鼻）或局部应用等。最常用的治疗是用与FSH、LH有类似功能的HCG治疗。有人认为用生长激素（GH）和HCG联合治疗小阴茎效果优于单用HCG。
（2）性腺功能异常 如单纯睾丸分泌睾酮异常，采用睾酮替代疗法，可口服十一酸睾酮、外用睾酮霜或肌内注射睾酮等。
2.手术治疗
适用于青春期后阴茎仍较短者，不用于婴幼儿。手术方法主要为阴茎延长术。如果阴茎过小，患者坚持做男性的可用阴茎再造成形、阴茎假体放置等方法，转性别者行双侧睾丸切除、外阴整形术及雌激素替代治疗。