附睾囊肿是一种良性病变，不会发生癌变，因此不必大惊小怪。囊肿较小的话，一般不需要处理，如果出现体积增大或有令人讨厌的不适感，可以考虑手术治疗。
附睾囊肿的手术治疗方法如下：
1、过去采取的单纯抽液并注入硬化剂使囊肿缩小的措施并不可靠，常可复发或造成感染，给将来的手术带来困难，故现在多主张手术切除。由于手术很小，病人不会有很大痛苦。一个很小的阴囊切口足以移动、分离和切除囊肿，手术效果往往很好。手术时医生将仔细把囊肿与睾丸和附睾分离开，然后完整地把它切除。
2、手术时医生会尽量仔细小心，以免压迫和破坏睾丸的血液供应或破坏附睾与输精管的连贯性。如果囊肿是开放的或术前抽吸过，液体将呈现稀薄、白色或混浊状，在显微镜下检查进可见不活动的精子。
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附睾囊肿也可以是多个并存在于阴囊的两侧，也可能涉及一侧附睾。它们通常是毫无症状的，但如果它们的体积特别大，就会引起睾丸疼痛、迫使病人寻求医治。作为一个无痛的阴囊肿物，在鉴别诊断时必须考虑到鞘膜积液、精索静脉曲张、附睾结核、附睾肿瘤、睾丸肿瘤等其他肿块存在的可能性。任何可以引起附睾或睾丸急性炎症的过程，都能引起附睾及睾丸的肿胀，但这些疾患通常伴有相当剧烈的疼痛，不容易和精液囊肿相混淆。
治疗方法：
（1）卧床休息，应用阴囊托可减轻症状，也可以用柔软的毛巾将阴囊阴垫高。疼痛重者可用止痛药，局部热疗可缓解症状，并可促进炎症消退。但过早使用热疗可加重疼痛并有促进感染扩散的危险，所以早期宜用冰袋局部冷敷。
（2）性生活和体力劳动可加重感染，故应避免。
（3）选择对细菌敏感的药物，通常静脉给药1-2周后，口服抗菌药物2-4周。
附睾囊肿手术切除带来的并发症有很多，包括阴囊血肿，不育症，如果睾丸的血液供应受到影响，可以出现睾丸萎缩。比起要承受手术的风险性，更多的人选择了药物治疗，药物治疗安全，有效，不容易造成心理负担，更能被患者接受。
1、附睾囊肿的治疗用药在临床上多选用广谱抗生素及对革兰氏阴性菌效果较佳的抗生素。对于疼痛、发热等全身症状，应用解热镇痛药对症处理。如果附睾疼痛较重可请专科医师予1%利多卡因10～20毫升由睾丸上端处行精索局部封闭，可起到止痛、解除坠胀作用。
2、黄连素或新霉素离子透入，附睾囊肿的治疗单用抗生素往往治疗效果满意，如附睾炎反复发作引起前列腺炎应在非发作期行输精管结扎术，前列腺炎可治愈，有时也可行附睾切除术。如果慢性附睾炎有多次反复发作者，可考虑做附睾切除。