肾结石一般在0.6cm以下的是药物排石，常用的药物如肾石通颗粒、排石颗粒、金钱草冲剂，适当使用抗炎的药物等。
大于0.6cm以上的是体外冲击波碎石，大于2.0cm以上的可以手术治疗，平时大量饮水，做跳跃运动，以利结石排出。
肾结石的治疗要看结石的位置，位于肾皮质内的（即肾小管内的结石，小于5mm，又没有症状的可以不必治疗，
一般平时多饮水，少食含钙多的食物，如菠菜、牛奶、豆类、肉类，特别是不要连续吃，可以间断少量吃，多活动以便小的结石自动随尿排出。如果结石位于肾盂或者输尿管内，常有肾绞痛症状，可用碎石，必要时手术等。