怀孕6周了今天早上去上厕所有咖啡色的东西流出

这种情况一般是有两种情况。一种属于假月经，没有关系，一般怀孕前几周会出现。一种属于先兆流产。
如果流出的不多，并且没有新鲜的血液，或者有子宫规律的收缩，都没有问题。如果流血过多，那就要考虑先兆流产。