今年12岁上课用脑有时会头疼上医院拍CT也查不出来会跑着疼

你好，从你的病情描述来看，考虑可能是偏头痛，一般偏头痛辅助检查是无法查出任何异常。只能对症治疗。
建议你可以服用些营养脑神经的药物，如脑心通胶囊，正天丸。也可以进行静脉输液治疗，注意多休息，劳逸结合。

有可能是由于受凉劳累饮食起居不合适精神压力过大引起的身体出现偏头疼。
热敷理疗，推拿按摩针灸拔罐改善治疗不适，少吃生冷食物，少吃辛辣刺激。多喝温热蔬菜汤。