龟头上起了3颗小水泡有点点痒不痛是什么原因啊?

你好，根据你描述的情况，不排除是生殖器疱疹引起的。
建议你去正规公立医院泌尿科或皮肤科检查，查明原因后给予相应的治疗的，局部可以涂阿昔洛韦软膏的。